生肌玉红膏治疗糖尿病足溃疡活性成分、核心作用靶点基因的筛选及靶向结合关系预测验证
周宇1
郭小英1
吴标良2
1.右江民族医学院附属医院内分泌科,广西百色 533000;右江民族医学院研究生学院2.右江民族医学院附属医院内分泌科,广西百色 533000
摘要：目的 基于数据库数据筛选生肌玉红膏治疗糖尿病足溃疡(DFU)的活性成分及其核心作用靶点基因,并进一步验证生肌玉红膏治疗DFU的活性成分及其核心作用靶点基因的靶向结合关系.方法 ①收集生肌玉红膏的活性成分及其作用靶点基因:从TCMSP、BATMAN-TCM和SuperPred数据库中检索数据,收集生肌玉红膏活性成分及其作用靶点基因.②收集DFU发病的靶点基因:在GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD数据库中检索并收集DFU发病的靶点基因.③生肌玉红膏治疗DFU的作用靶点基因筛选及其生物学功能分析:将生肌玉红膏的活性成分作用靶点基因、DFU发病的靶点基因取交集,使用Cytoscape3.8.0软件筛选生肌玉红膏治疗DFU的作用靶点基因.生肌玉红膏治疗DFU作用靶点基因的生物学功能分析:运用基因本体论(GO)和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析生肌玉红膏治疗DFU作用靶点基因的生物学功能.④生肌玉红膏治疗DFU核心作用靶点基因筛选及其与生肌玉红膏活性成分靶向结合关系预测及验证:通过GOSemSim包筛选生肌玉红膏治疗DFU核心作用靶点基因,预测与其有靶向结合关系的生肌玉红膏活性成分,使用AutoDock和PyMOL软件对生肌玉红膏活性成分和DFU核心作用靶点基因进行分子对接验证,分析生肌玉红膏活性成分和DFU核心作用靶点基因的靶向结合能力.结果 ①槲皮素、熊果酸、甘草查尔酮A、1-甲基-2-十二烷基-4-喹诺酮等371个成分为生肌玉红膏的活性成分,与生肌玉红膏活性成分有靶向结合关系的作用靶点基因有1 762个,主要包括表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导与转录激活因子 3(STAT3)、转化生长因子β1(TGF-β1)、SRC原癌基因(SRC)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1).②DFU发病的靶点基因有EGFR、STAT3、TGF-β1、SRC、AKT1等2 690个.③生肌玉红膏治疗DFU的作用靶点基因有EGFR、STAT3、AKT1等39个.生肌玉红膏治疗DFU的作用靶点基因主要涉及调控上皮细胞增殖、肌细胞增殖、微小核糖核酸(miRNA)转录等生物学过程,靶点基因主要参与磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等.④EGFR、STAT3、TGF-β1、SRC、AKT1是生肌玉红膏治疗DFU的核心作用靶点基因,有靶向结合关系的生肌玉红膏活性成分主要来源于甘草、当归及白芷.槲皮素与EGFR的对接得分为-7.9 kcal/moL,1-甲基-2-十二烷基-4-喹诺酮与EGFR对接得分为-5.9 kcal/moL,熊果酸、甘草查尔酮A与STAT3对接得分分别为-8.0、-6.3 kcal/moL.结论 生肌玉红膏治疗DFU的活性成分主要有槲皮素、熊果酸及甘草查尔酮A等.生肌玉红膏治疗DFU的核心作用靶点基因主要有EGFR、STAT3及AKT1等.生肌玉红膏的主要活性成分与关键作用靶点基因的靶向结合能力较好.生肌玉红膏治疗DFU的关键作用靶点基因可通过影响PI3K/AKT、AGE-RAGE及HIF-1等信号通路,参与促进上皮细胞增殖、抑制晚期糖基化终末产物生成等过程,发挥DFU治疗作用.
关键词：生肌玉红膏糖尿病足溃疡槲皮素熊果酸表皮生长因子受体信号转导与转录激活因子3磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路
分类号：R622(整形外科学（修复外科学）)
资助基金：国家自然科学基金(81960875)广西自然科学基金项目(2023GXNSFDA026008)广西医疗卫生适宜技术开发与推广应用项目(S2022134)
论文发表日期：2023-10-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 29-33 )
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