冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因的筛选及验证
多力昆·木台力甫
阿布都乃比·麦麦提艾力
伊加提·司马义
新疆医科大学第一附属医院心脏外科,乌鲁木齐 830054
摘要：目的 筛选冠状动脉粥样硬化患者外周血单个核细胞关键RNA结合蛋白基因,并对其进行验证.方法 ①冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因筛选 选择冠状动脉粥样硬化患者5例(观察组)、健康志愿者 5 例(对照组),采用转录组测序技术检测外周血单个核细胞RNA转录组,运用R软件"edgeR"包筛选P<0.05、|logFC|>1、错误发现率<0.05的单个核细胞差异表达基因.从RNA结合蛋白数据库中下载人单个核细胞的RNA结合蛋白相关基因资料,与外周血单个核细胞差异表达基因取交集后获得冠状动脉粥样硬化单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因.运用TopHat2、ABLas软件筛选冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞差异表达RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件.筛选相对表达量最高的单个核细胞RNA结合蛋白相关差异表达基因为关键RNA结合蛋白基因.②冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因验证 另选取冠状动脉粥样硬化患者10例(一组)、健康志愿者10例(二组),抽取外周静脉血后分离外周血单个核细胞,采用qRT-PCR法检测2组RNA结合蛋白关键基因.从GEO数据库(GSE40231、GSE43292、GSE100927、GSE27034)数据集中,检索冠状动脉粥样硬化患者、健康志愿者外周血单个核细胞RNA结合蛋白关键基因表达资料.结果 冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞的差异RNA结合蛋白相关基因有:过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α、锌指RNA结合蛋白2、SAM域、SH3域和核定位信号1(SAMSN1)、肝配蛋白A型受体2、RNA结合基序蛋白24、多种剪接形式的RNA结合蛋白2、SH3和多个锚蛋白重复结构域1.与对照组相比,观察组患者单个核细胞RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件多(P<0.05).关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1.与二组相比,一组患者外周血单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05).GEO数据库数据结果显示,相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞单个核细胞SAMSN1相对表达量升高(P<0.05).结论 冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞关键RNA结合蛋白基因为SAMSN1基因.相比于健康志愿者,冠状动脉粥样硬化患者单个核细胞SAMSN1基因表达升高,可变剪接事件增多.SAMSN1基因可能通过调控RNA结合蛋白相关基因的可变剪接事件,参与冠状动脉粥样硬化的发生发展.
关键词：RNA结合蛋白RNA结合蛋白基因SH3域和核定位信号1基因SH3域和核定位信号1可变剪接冠状动脉粥样硬化
分类号：R542(心脏、血管（循环系）疾病)
论文发表日期：2024-10-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 34-38 )
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