基于GEO数据库的牛肌内脂肪差异表达基因的生物信息学分析
田佺1
王思寒1
刘磊1
赵祎1
张君正1
李钟淑1
戢爽2
1.延边大学农学院,吉林延边1330002.延边大学农学院,吉林延边133000;东北寒区肉牛科技创新教育部工程研究中心,吉林延边133000
摘要：试验利用生物信息学方法挖掘牛肌内脂肪差异表达基因(DEGs),从基因表达综合数据库(GEO)下载牛肌内脂肪和皮下脂肪基因芯片数据集,初步筛选获得DEGs.采用稳健排序整合算法(RRA)分析,获得稳健DEGs.对稳健DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释.联合String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI)筛选核心基因.结果显示,从GSE 136981和GSE 39006两套数据集的3个分组中共分析获得18个稳健DEGs,其中17个基因显著上调,1个基因显著下调.上调基因显著富集到14个KEGG通路和9个GO条目,PPI网络中MYOZ1、ACTN3和MYOT1等10个基因被筛选为关键基因.研究表明,MYOZl、ACTN3和MYOT等10个稳健DEGs可能参与调控牛肌内脂肪的形成.
关键词：肌内脂肪生物信息学差异表达基因GEO数据库数据挖掘
分类号：S813.3(普通畜牧学)
资助基金：高等学校学科创新引智计划计划)(S20034)
论文发表日期：2021-12-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 67-70 )
英文信息