基于WGCNA方法挖掘影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因
倪彬1
张康2
朱莉3
唐琳3
李昕鹏3
苟潇2
孔小艳3
1.云南农业大学动物科学技术学院,云南 昆明 650201;佛山大学生命科学与工程学院,广东 佛山 5282312.佛山大学生命科学与工程学院,广东 佛山 5282313.云南农业大学动物科学技术学院,云南 昆明 650201
摘要：试验旨在通过转录组测序数据挖掘影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因.采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法对建水黄褐鸭肝脏、皮下脂肪、胸肌、脾脏、肺、肾和腿肌这7个组织中基因的表达量进行共表达模块聚类.通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析筛选与肉质性状相关的目标模块.利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)调控网络,结合文献及功能富集分析,确定影响肉质性状的关键功能基因.结果显示,所有组织共得到5 402个基因,5 402个注释基因被构建成16个模块,其中黑色和青色模块可能与肉质性状相关,标记为目标模块.结合文献及功能富集分析结果表明,目标模块中的肌生成因子5(MYF5)、类糖基转移酶1(LARGE1)、Ⅰ型胶原α2链(COL1A2)、肌球蛋白结合蛋白C1(MYBPC1)和肌球蛋白轻链3(MYL3)基因不仅是TOP10的核心基因,还在肌肉结构发育、骨骼系统发育、组织再生等GO条目中富集,且在胸肌、腿肌中高表达.研究表明,MYF5、LARGE1、COL1A2、MYBPC1和MYL3为影响建水黄褐鸭肉质性状的功能基因.
关键词：建水黄褐鸭加权基因共表达网络分析肉质性状功能基因
分类号：S834(家禽)
资助基金：国家重点研发计划(2023YFD1300405)
论文发表日期：2025-05-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 80-84 )
英文信息