食管鳞癌预后生物标志物的挖掘及其通路分析
田琴琴1
李昂2
李佳莹2
谢俞宁2
仵红娇2
张雪梅3
1.华北理工大学 生命科学学院,河北 唐山 0632102.华北理工大学 公共卫生学院,河北 唐山 0632103.华北理工大学 生命科学学院,河北 唐山 063210;华北理工大学 公共卫生学院,河北 唐山 063210
摘要：目的 分析食管鳞癌(ESCC)组织中的差异表达基因(DEGs)与预后的关系,并探索影响食管鳞癌发生的关键通路.方法 R语言limma程序对基因表达数据库(GEO)与癌症基因图谱(TCGA)数据库的食管鳞癌转录组数据进行差异表达基因进行分析.Cox回归模型筛选食管鳞癌独立预后基因.TIMER数据库进行独立预后基因与免疫浸润细胞之间的相关性分析.基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)预测差异基因的调控网络.结果 分析三个GEO数据集(GSE17351、GSE20347和GSE100942)和TCGA的差异表达基因结果,得到55个共同差异表达基因(40个上调和15个下调基因).对55个基因进行单因素Cox回归分析,发现TTK、CHEK1、FEN1、KIF14、NUP155、KIF23和CENPE与食管鳞癌患者总体生存时间相关.对7个预后相关基因进行多因素Cox回归分析,发现TTK可作为食管鳞癌的独立预后因素.GSEA和GSVA结果显示TTK可能通过调节细胞周期、DNA损伤修复等通路影响食管鳞癌的发生发展.结论 TTK高表达是一种预后不良因素,可能作为食管鳞癌的潜在预后标志物.
关键词：TCGA数据库GEO数据库食管鳞癌差异表达基因预后
分类号：R735.1(消化系肿瘤)
资助基金：河北省自然科学基金重点项目(H2017209233)
论文发表日期：2022-01-10
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 73-78 )
英文信息