三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA提取性能的比较
应超1
蔡燕宁2
郝淑文3
王婷1
刘沅贺1
赵立芳4
1.首都医科大学宣武医院神经生物学研究室,北京100053;教育部神经变性病重点实验室,北京100053;国家老年疾病临床医学研究中心,北京1000532.首都医科大学宣武医院神经生物学研究室,北京100053;教育部神经变性病重点实验室,北京100053;国家老年疾病临床医学研究中心,北京100053;首都医科大学宣武医院临床样本中心,北京1000533.首都医科大学宣武医院神经生物学研究室,北京100053;教育部神经变性病重点实验室,北京100053;国家老年疾病临床医学研究中心,北京100053;河北医科大学第一医院神经内科,石家庄0500314.首都医科大学宣武医院临床样本中心,北京100053
摘要：目的 综合评估3种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒.方法 我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估.同时,我们还使用微滴式数字PCR(ddPCR)对cfDNA中的核糖核酸酶P蛋白亚基p30(RPP30)、NADH脱氢酶亚基1(ND1)、NADH脱氢酶亚基4(ND4)基因拷贝数进行定量,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测cfDNA中藤黄节杆菌序列(ALU)ALU115和ALU247的浓度.此外,我们还在混合血浆中掺入50～766 bp的DNA Ladder,然后使用上述3种提取试剂盒对其进行提取,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪分析各DNA片段的浓度,以计算不同试剂盒对不同大小的DNA片段的回收率和提取偏好性.结果 3种试剂盒从健康人血浆中纯化的100～300 bp cfDNA浓度分别为(5.10±1.99)、(4.64±3.09)和(1.82±1.29)ng/mL(P = 0.006).Kit A所提取的RPP30拷贝数显著高于Kit C(P = 0.018),而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P = 0.001;P = 0.001;P = 0.001;P = 0.001).此外,Kit A所提取的cfDNA中,ALU 115和ALU 247的浓度也显著高于Kit C(P = 0.009;P = 0.003).3种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性DNA Ladder的回收率差异有统计学意义(P<0.001),同时Kit B和Kit C对不同大小的DNA片段也存在提取偏好性.结论 Kit A性能最佳,Kit B是一种低成本替代方案,其工作流程更简单省时.
关键词：游离DNA提取试剂盒核酸提取
分类号：R446.1(诊断学)
资助基金：国家重点研发计划(2021YFC2501205)
论文发表日期：2023-06-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 1556-1563 )
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