一株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MS4的全基因组测序结果分析
姚伟明
陈重
王红燕
程航
邓向斌
李多云
郑金鑫
邓名贵
刘晓军
邓启文
余治健
1.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180522.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180523.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180524.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180525.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180526.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180527.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180528.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,5180529.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,51805210.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,51805211.深圳大学南山区人民医院,广东深圳,518052
摘要：目的:分析创口分离一株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的全基因组序列特点.方法:将深圳大学南山区人民医院一例创口脓液分离菌株采用BD PhoenixTM1 00自动细菌鉴定/药敏系统鉴定;用E-Test试验测定其利奈唑胺(LZD)最低抑菌浓度(MIC)值;扩增细菌提取细菌总DNA,应用多重PCR扩增及DNA测序方法行SCCmec-spaMLST分型;并采用Illumina Miseq结合第三代测序技术分别构建了Illumina Miseq PE文库(～ 500 bp)和PacBio文库(8～ 10kb),普通PCR覆盖gap,对获得的测序数据进行质控后利用生物信息学分析手段完成该菌株的全基因组完成图绘制.结果;经鉴定此菌株为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(命名为MS4).药敏结果显示该菌株对头孢西丁、氨苄西林、甲氧西林、青霉素P、阿莫西林/克拉维酸耐药,对利奈唑胺等其余抗菌素敏感.E-Test提示LZD MIC值为0.094 ug/mL.SCCmecspa-MLST分型结果显示该菌株属于III-t 3592-ST59型.MS4基因组包含2709797 bp,GC含量33.5％;通过注释后总共有2475个基因,11个tRNA编码基因,3个完整的rRNA基因编码操纵子,并包括mecA等耐药基因和γ一溶血素、溶血素III、烯醇酶、肠毒素等多种毒力因子,申请获得Genebank号CP009828.结论:完成了一株创口脓液来源MRSA的基因分型和全基因组完成图绘制,为MRSA基因组比对和系统进化发育分析提供了模板序列.
关键词：金黄色葡萄球菌甲氧西林全基因组序列
分类号：R378.1+1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
资助基金：深圳市科技创新委项目(JCYJ20150402152130173)深圳市科技创新委项目(JCYJ20150402152130167)深圳市南山区资助课题(2015019)深圳市南山区资助课题(2015022)深圳市重点学科资助课题(201506093)
论文发表日期：2017-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 6-9 )
英文信息