DOI: 10.11958/20171099
基于mRNA和miRNA表达谱及基因甲基化谱的直肠腺癌发生相关分子标志物的研究
秦海1
华扬2
石洋2
李鹏2
1.天津医科大学 300070;天津市人民医院肛肠科2.天津市人民医院肛肠科
摘要：目的 通过综合分析高通量miRNA/mRNA的表达数据及DNA甲基化数据,研究直肠腺癌(READ)潜在的发病机制.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载miRNA/mRNA表达数据及DNA甲基化数据.利用DESeq2软件包筛选差异表达的miRNA(DEmiRNAs)、mRNA(DEmRNAs),利用COHCAP软件包筛选差异甲基化位点(DMSs).采用生物信息学方法分别构建DEmiRNAs与DEmRNAs的调控网络和DNA甲基化与DEmRNAs调控网络,获得DEmiRNAs与DEmRNAs负调控关系对(DEmiRNA-DEmRNA),以及DNA甲基化与DEmRNAs的负调控关系对(DNAmethylation-DEmRNA).利用KEGG分析得到异常甲基化的DEmRNAs富集的通路.最后通过实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证其中差异显著的DEmRNAs的表达水平.结果 在数据中筛选到了1192个DEmRNAs, 27个DEmiRNAs,通过靶基因筛选,获得1987个miRNA-mRNA调控关系对.得到446个甲基化异常的基因,6403个异常甲基化的CpG位点.通过对446个异常甲基化基因和668个DEmRNAs的关联性分析,发现50个DEmRNAs (39个下调和11个上调)伴有高甲基化,同时受到DEmiRNAs的负调控.这50个DEmRNAs显著富集于cAMP、昼夜节律和谷氨酸等信号通路.qRT-PCR结果显示DEmRNAs表达结果与预测结果一致.结论 受到DEmiRNAs负调控的7个高甲基化基因(SORCS1、PDZRN4、LONRF2、CNGA3、HAND2、RSPO2和GNAO1)可能促进了READ的发生.
关键词：直肠肿瘤腺癌微RNAsRNA信使DNA甲基化基因表达谱计算生物学
分类号：R735.37(消化系肿瘤)
论文发表日期：2018-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 504-508,封2 )
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