胚胎干细胞核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征分析
左长清1
汪宗桂2
吴铁1
崔燎1
1.广东医学院药理学教研室,广东省东莞市,5238082.广东医学院生物化学教研室,广东省东莞市,523808
摘要：背景:外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明.目的:分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响"干性"特征的调控机制.方法:去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库.perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1 000次随机抽样网络分析.通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析.复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征.结果与结论:核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络.网络具有复杂网络无标度特性.该研究通过蛋白互作网络分析证明:靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性.
关键词：胚胎干细胞蛋白相互作用生物信息学核心转录因子网络
分类号：R394.2(医学遗传学)
资助基金：广东医学院博士启动基金(XB1002)
论文发表日期：2011-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 78-81 )
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