生物信息学分析肝癌干细胞中致瘤基因表达的差异
李淑娜
宋娜娜
1.中南大学湘雅医学院医学检验系,湖南省长沙市,4100132.中南大学湘雅医学院医学检验系,湖南省长沙市,410013
摘要：背景：研究认为，肝癌干细胞中致瘤基因表达与肝癌的发生、发展具有一定的关系，但目前尚缺乏对生物信息学和机制的研究。<br> 目的：对于肝癌干细胞相关的致瘤性差异基因进行筛选，并对其进行生物信息学分析。<br> 方法：将人肝癌细胞株HepG2作为肝癌干细胞的细胞工具制备总RNA并进行荧光标记，使用基因芯片进行杂交试验，将获得的 mRNA 表达谱进行筛选后获得差异性 mRNAs，利用生物信息学进行 GO注释和Pathway注释分析。<br> 结果与结论：芯片杂交实验的检出率为73.21%，说明杂交试验是成功的；实验共有38342个mRNA被发现，进一步分析后，筛选差异性表达基因1236个(P<0.05，fold change≥2)，其中上调和下调表达基因的数量分别为599和637个(P <0.05)；表达差异基因的生物学功能主要涉及到了组蛋白的H4乙酰化，细胞的有丝分裂以及增殖、细胞相关蛋白质的合成以及分解、染色体的分离、细胞的分化以及凋亡、信号的转导、营养物质的运输、转录；Pathway 注释主要涉及细胞因子介导的炎症信号通路、Wnt信号通路、Hedgehog通路以及Notch通路、TGF-Beta和Jak-STAT等。结果证实，肝癌干细胞中的差异表达基因与肝癌的发生有关，也可能参与信号通路的调控，这可为肝癌的治疗提供一种新靶点。
关键词：干细胞肿瘤干细胞肝癌致瘤基因生物信息学信号通路生物功能细胞培养差异基因基因芯片组织工程
分类号：R394.2(医学遗传学)
论文发表日期：2016-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 3407-3412 )
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