骨性关节炎mRNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控的网络分析
李嘉程
梁学振
刘金豹
许波
李刚
1.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 2500142.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 2500143.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 2500144.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 2500145.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 250014
摘要：背景:目前指出引起骨软骨关节炎的可能的原因包括:软骨退变、自我吞噬、机械力学改变、软骨过度增生、内部免疫、氧化应激及疼痛等.目的:骨性关节炎由多种因素导致关节软骨退行性疾病,实验旨在通过生物信息学方法探讨骨性关节炎的发病机制.方法:检索GEO数据库中关于骨性关节炎的相关芯片数据集GSE51588和GSE19060,借助R语言分析差异基因,利用miRDB,miRTarbase和starBase数据库分别预测骨性关节炎相关mRNA的靶向miRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络,采用GeneMANIA和FUNRICH对上述调控网络中的mRNA进行分析;检索LncRNADisease病数据库与骨性关节炎相关的lncRNA,利用Starbase数据库预测其miRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.结果与结论:①利用R语言分析共筛选出11个显著差异mRNA;②通过miRDB,miRTarbase和starBase和预测的靶向miRNA与上述11个差异mRNA交叉映射确定290个miRNAs参与骨性关节炎相关miRNA-mRNA调控网络的构建;③在LncRNADisease数据库中检索到15个与骨性关节炎发病相关的IncRNA;④利用Starbase数据库预测270个miRNAs,构建出5个IncRNA,106个miRNA和8个mRNA的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,通过FUNRICH得出7个主要的生物学过程和2条主要的信号通路;⑤进一步分析显示,差异表达mRNA主要和蛋白代谢作用、细胞通讯、信号转导、免疫反应、新陈代谢、能量途径及细胞生长的生物学过程有关,通过而参与骨性关节炎的发病过程,为骨性关节炎治疗靶点的确定提供了思路.
关键词：骨关节炎软骨基因免疫RNA生物信息学数据挖掘调控网络
分类号：R446(诊断学)R447(诊断学)R363(病理学)
资助基金：山东省中医经典名方协同创新开放课题(2019KFY7)
论文发表日期：2021-03-11
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1212-1217 )
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