基于单细胞转录组测序分析人肋来源软骨细胞的异质性
师航
李佳
刘霞
蒋海越
中国医学科学院北京协和医学院整形外科医院研究中心,北京市 100144
摘要：背景:肋软骨是人体组织中一类重要的软骨来源,常作为软骨自体移植和组织工程构建的种子细胞来源.单细胞测序是分析细胞异质性的强大工具,可针对肋软骨细胞进行细胞异质性的深入研究.目的:通过单细胞转录组测序分析人肋软骨组织细胞分群情况,以及每个细胞亚群参与的生物学过程.方法:临床获取1例31岁小耳重建手术后废弃的肋软骨组织制成原代细胞悬液,经10X Genomics平台进行单细胞分离,使用Gel Bead Kit V3构建单细胞RNA-seq文库,Illumina Novaseq6000测序仪对文库进行测序,并利用主成分分析和T分布随机邻域嵌入进行降维,获得4个亚群细胞,进而获得不同亚群细胞的标记基因,再对每个细胞亚群的标记基因进行GO和KEGG分析,分析这些基因可能参与的生物学过程.结果 与结论:测序共获取6634个细胞,符合质控标准.将肋软骨细胞划分为4个细胞亚群,分别为以COL10A1、S100A2为标记基因的肥大软骨细胞群;以BMP2、COL2A1为标记基因的软骨细胞群;以FOS、JUN为标记基因的增殖性细胞群;以MYLK、CD146为标记基因的干细胞群.将肋软骨细胞进一步划分细胞亚群,有利于深入了解肋软骨细胞的异质性,对其作为种子细胞应用及疾病认识都有积极意义.
关键词：单细胞转录组测序肋软骨软骨细胞标记基因细胞分群
分类号：R459.9(治疗学)R318(医用一般科学)Q291(细胞生物学)
资助基金：国家自然科学基金(81871575)协同创新项目(2017-I2M-1-007)
论文发表日期：2022-07-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 3011-3017 )
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