DOI: 10.12307/2024.224
N6-甲基腺苷相关调节因子与骨关节炎:生物信息学和实验验证分析
袁长深1
廖书宁2
李哲2
官岩兵2
吴思萍2
胡琪2
梅其杰1
段戡1
1.广西中医药大学第一附属医院四肢骨伤科,广西壮族自治区 南宁市 5300232.广西中医药大学研究生院,广西壮族自治区 南宁市 530000
摘要：背景:越来越多证据表明N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)调节因子与骨关节炎密切相关,被认为是防治骨关节炎新方向,但具体作用机制不明.
目的:通过对骨关节炎基因芯片数据集进行生物信息学分析,探讨m6A对骨关节炎的作用,解析骨关节炎发病机制.
方法:首先利用R软件提取GEO数据库中GSE1919数据集中骨关节炎相关m6A调节因子及其表达量,进而对提取结果行基因差异分析及GO、KEGG富集分析;接着对PPI网络拓扑学分析结果和机器学习结果取交集得到m6A关键调节因子,并通过体外细胞实验验证.
结果与结论:①提取得到16个骨关节炎相关m6A调节因子表达量,通过差异分析获得ZC3H13、YTHDC1、YTHDF3、HNRNPC等11个m6A差异调节因子;②GO富集分析显示,骨关节炎相关m6A差异调节因子在生物过程中主要于mRNA转运、RNA分解代谢、胰岛素样生长因子受体信号通路调控等发挥作用;③KEGG富集分析显示,差异调节因子主要参与p53、白细胞介素17和AMPK信号通路;④综合PPI网络拓扑学分析和机器学习结果获得m6A关键调节因子——YTHDC1;⑤体外细胞实验结果表明,m6A关键调节因子——YTHDC1在对照组与骨关节炎组中表达存在显著差异(P<0.05);⑥结果显示,YTHDC1与骨关节炎发生发展密切相关,有望成为m6A治疗骨关节炎的分子靶点.
关键词：骨关节炎N6-甲基腺苷生物信息学机器学习调节因子软骨细胞实验验证
分类号：R446(诊断学)R34(基础医学)R684.3(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)
论文发表日期：2024-04-11
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1724-1729 )
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