DOI: 10.12307/2024.493
绝经后骨质疏松症潜在铁死亡及细胞焦亡相关诊断生物标志物
李树栋1
梁学振2
骆帝3
李嘉程2
阎博昭1
李刚2
1.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 2500142.山东中医药大学第一临床医学院,山东省济南市 250014;山东中医药大学附属医院,山东省济南市 2500143.山东中医药大学附属医院,山东省济南市 250014
摘要：背景:铁死亡及细胞焦亡可能在绝经后骨质疏松症的发生发展过程中起到作用,可能存在诊断绝经后骨质疏松症的相关生物标志物.
目的:利用生物信息学手段寻找绝经后骨质疏松症过程中铁死亡及细胞焦亡相关的关键基因,以进一步阐明其生物学机制.
方法:使用美国国家基因表达综合数据库(GEO数据库)下载绝经后骨质疏松症的数据集GSE56815和GSE7429,对两数据集进行预处理,借助R软件limma包进行数据差异表达分析,通过DIVID、KOBAS数据库进行富集分析,借助STRING、Cytoscape绘制蛋白互作网络,通过CytoHubba选取Hub基因,通过铁死亡基因数据库及细胞焦亡数据库筛选关键基因.利用CIBERSORT包测定绝经后骨质疏松症样本的免疫浸润情况,进行关键基因与免疫细胞的相关性分析.
结果与结论:①于实验样本中共计筛选出30个绝经后骨质疏松症的差异基因,其中9个基因表达上调,21个基因表达下调;②GO、KEGG通路富集显示差异主要集中在丝氨酸型内肽酶活性、先天免疫反应、特殊颗粒管腔、肾素分泌等;③PPI网络显示差异基因的相关性,CytoHubba选出Degree值前10的Hub基因;④Hub基因与FerrDb铁死亡数据库及细胞焦亡数据集取交集得到关键基因ELANE、LCN2;⑤受试者工作特征曲线及箱图表明,ELANE、LCN2在绝经后骨质疏松症血清样本中的表达较正常样本明显降低,具有良好的诊断价值;⑥免疫浸润分析显示,ELANE可能与记忆性静息CD4 T细胞、M0巨噬细胞、M2巨噬细胞有关,LCN2可能与M0巨噬细胞有关.
关键词：铁死亡细胞焦亡绝经后骨质疏松生物信息学生物标志物免疫浸润
分类号：R459.9(治疗学)R394.2(医学遗传学)R589(内分泌腺疾病及代谢病)
论文发表日期：2024-10-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 4511-4515 )
英文信息