DOI: 10.12307/2024.544
类风湿关节炎脂肪酸代谢相关基因的生物信息学鉴定与验证
陆晓铃1
刘斌1
徐斌2
1.安徽医科大学基础医学院,安徽省合肥市 2300002.安徽医科大学基础医学院,安徽省合肥市 230000;安徽医科大学第一附属医院骨科,安徽省合肥市 230000
摘要：背景:研究表明,脂肪酸代谢基因与类风湿关节炎发展紧密相关,因此基于脂肪酸代谢基因探索类风湿关节炎发病进展具有重要的临床意义.
目的:探究脂肪酸代谢基因是否可以作为预测类风湿关节炎进展的可靠生物标志物.
方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载与滑膜组织相关的基因数据,应用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,对其使用Cytoscape进行生物学注释(GO基因本体论)和信号通路富集分析(KEGG京都基因与基因组百科全书).从分子特征数据库(MSigDB)筛选脂肪酸代谢相关基因,使用套索算法和支持向量机的递归特征消除算法筛选潜在生物标志物.通过CIBERSORT算法评估正常人和类风湿关节炎患者的免疫细胞浸润水平.最后,在GSE77298使用受试者工作特征曲线验证脂肪酸代谢相关基因的表达水平.
结果与结论:①确定了361个类风湿关节炎差异表达基因,其中13个与报告的脂肪酸代谢相关基因重叠;②基于机器学习算法筛选出5个基因,受试者工作特征曲线显示有5个基因(PCK1、PDK1、PTGS2、PLA2G2D、DPEP2)可以预测类风湿关节炎的发展;③CIBERSORT算法结果表明上述5个基因和活化肥大细胞、中性粒细胞、静息肥大细胞、记忆性静息CD4+ T细胞浸润水平密切相关;④受试者工作特征曲线显示,PLA2G2D和PCK1具有较高的诊断价值;⑤提示脂肪酸代谢相关基因表达特征可作为预测类风湿关节炎临床结果的潜在生物标志物,可进一步提高类风湿关节炎预测的准确性.
关键词：类风湿关节炎脂肪酸代谢相关基因差异表达基因生物标志物生物信息学分析
分类号：R459.9(治疗学)R318(医用一般科学)R593.22(全身性疾病)
论文发表日期：2024-11-11
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 5116-5121 )
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