轮叶黄精叶绿体基因组特征及系统发育分析
丹增晋美1
张林2
杜焓瑜3
文雪梅1
徐爱国1
1.西藏自治区高原生物研究所,拉萨 8500002.西藏自治区高原生物研究所,拉萨 850000;中国科学院青藏高原研究所,北京 1001013.浙江大学生命科学学院,杭州 310058
摘要：该研究采用Illumina NovaSeq6000平台对轮叶黄精(Polygonatum verticillatum)的叶绿体基因组进行了深入的测序、组装、注释及结构特征分析.通过与黄精属内其他物种的叶绿体基因组开展对比和系统发育分析,揭示了轮叶黄精叶绿体基因组的结构特征及其在属内的进化位置.结果表明,轮叶黄精的叶绿体基因组长度为155,973 bp,GC含量为37.63%,为四分体结构,由一个大单拷贝区(LSC,84,589 bp)、一个小单拷贝区(SSC,18,554 bp)和两组反向重复区(IRa/IRb),各52,830 bp)构成.其中注释并编码131个基因,包括蛋白编码基因85个、38个tRNA基因和8个rRNA基因,以及50个简单重复序列(SSR)和45个散在重复序列.此外,密码子偏好性分析显示轮叶黄精叶绿体基因组中大多数高RSCU值的密码子以A或U结尾,与多数植物的普遍偏好性相符.IR区边界分析揭示了轮叶黄精与其他黄精属植物在IR区扩张与收缩现象中的差异,反映了黄精属内植物间的遗传多样性.系统发育分析显示,轮叶黄精与其近缘物种在进化树上形成独立分支,与其他黄精属植物分化明显.本研究不仅为黄精属植物的遗传多样性、物种鉴定及进化适应性研究提供了重要支持,而且为轮叶黄精的遗传研究、保护与资源利用奠定了基因组学基础.
关键词：轮叶黄精叶绿体基因组系统发育
论文发表日期：2025-04-30
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 3-9 )
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