基于生物信息学筛选和分析小儿溃疡性结肠炎的潜在生物标志物
邹秋凤
邹佳英
李丽娟
方小玲
黄文娟
中国人民解放军联勤保障部队第九二四医院新生儿科(广西桂林 541000)
摘要：目的 利用生物信息学筛选和分析小儿溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在基因生物标志物.方法 从基因表达数据库GEO中下载炎症性肠病数据集GSE126124 的表达谱数据.使用GEO2R获取基因数据集中小儿UC组织与相应正常组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).DAVID、STRING数据库对DEGs进行生物学功能、通路富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用分析.Cytoscape基于蛋白质-蛋白质相互作用网络鉴定关键基因,KEGG分析关键基因的通路富集情况.结果 获得了 153 个DEGs,包括 92 个高表达基因和 61 个低表达基因.高表达DEGs显著富集的生物学功能和通路有外部刺激反应、金黄色葡萄球菌感染和IL-17 信号通路等.低表达的DEGs显著富集的生物学功能和通路有转运、膜的成分和代谢通路等.此外,10 个DEGs可作为关键基因,包括Cxcl1、Cxcl2、Cxcl10、Cxcr2、Il1rn、Fcgr3a、Cxcr1、S100a12、Ido1 和Ccl24.关键基因显著富集的通路有趋化因子、病毒蛋白与细胞因子及受体的作用、幽门螺杆菌感染上皮细胞、IL-17 和TNF信号通路.结论 本研究发现了小儿UC的153个DEGs,其中10个关键基因有可能在小儿UC的发生发展中起重要作用.
关键词：小儿溃疡性结肠炎基因生物信息学生物标志物
资助基金：桂林市技术应用与推广计划(202012E15593)
论文发表日期：2024-04-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 149-156 )
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