膀胱尿路上皮癌预后相关甲基化相关基因的筛选与预后模型构建
路惠茹1
耿辉2
梁亮1
张倩1
李磊1
殷锋彦3
罗晓辉3
吕军4
李涛3
1.西安交通大学第一附属医院泌尿外科(西安 710061)2.西安交通大学第一附属医院健康医学科(西安 710061)3.宝鸡市中心医院泌尿外科(陕西 宝鸡 721008)4.暨南大学附属第一医院临床研究部(广州 510630)
摘要：目的 筛选膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)预后相关甲基化相关基因,并探讨其在BLCA预后中的价值.方法 从TCGA数据库下载BLCA项目的样本数据,GeneCards数据库获取相关评分大于 5 的甲基化相关基因.使用Lasso回归筛选确定预后相关基因.GO及KEGG富集分析用于探索预后基因的功能和参与通路,Cox回归分析确定具有潜在预后价值的基因,采用受试者工作特征(ROC)曲线及曲线下面积(AUC)对预后模型进行评估.结果 共获得 411 例带有临床样本的数据和 206 个甲基化相关基因.Lasso回归筛选出 11 种(VHL、THBS1、SMYD2、RARB、PRMT6、MYC、IGF2、ICMT、EGFR、DLEC1、CARM1)具有显著预后价值的甲基化相关基因.富集分析显示,其主要参与补体与凝血级联、神经活性配体-受体相互作用和酪氨酸代谢通路.多因素Cox回归分析结果表明,肿瘤浸润[HR=2.556,95%CI(1.190,5.491)]及IGF2高表达[HR=3.088,95%CI(1.348,7.075)]与BLCA预后不良相关,VHL高表达[HR=0.358,95%CI(0.151,0.845)]与BLCA预后改善相关,ROC分析显示,1 年、3 年和 5 年总生存期AUC值分别为 0.773、0.719 和 0.725,表明预后模型预测性能较好.结论 本研究筛选了 11 种有显著预后价值的甲基化相关基因,肿瘤浸润、IGF2 高表达、VHL高表达可能与BLCA预后相关.
关键词：膀胱尿路上皮癌甲基化相关基因TCGAGeneCards预后
分类号：R737.14(泌尿生殖器肿瘤)
资助基金：陕西省社会发展领域一般项目(2024SF-YBXM-097)
论文发表日期：2025-03-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 319-327 )
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