口腔鳞状细胞癌预后标志物的筛选及与免疫浸润的相关性分析
刘鹏飞1
辛璐2
李杨3
刘乔4
1.西安市第三医院口腔科,陕西西安 7100052.西安市红会医院阎良院区口腔科,陕西西安 7100893.西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌 7121994.空军军医大学唐都医院病理科,陕西西安 710038
摘要：目的 旨在通过整合多个数据集筛选口腔鳞状细胞癌(OSCC)中预后生物标志物,并研究其与免疫浸润的相关性.方法 从基因表达综合数据库(GEO)平台中提取OSCC相关数据集GSE9844、GSE30784和GSE138206.鉴定差异表达重叠基因群(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以评估DEGs参与的潜在分子过程和通路;使用STRING网站构建蛋白质与蛋白质相互作用网络图谱;使用Cytoscape软件中MCODE插件识别HUB基因;提取癌症基因组图谱网站中OSCC的表达谱数据,使用R语言工具检测HUB基因的表达情况.绘制受试者工作特征(ROC)曲线,预测正常和肿瘤组织中关键核心基因的诊断效率;使用R软件包完成HUB在OSCC免疫微环境中的表达及与24种免疫细胞的相关性分析.结果 3个数据集共鉴定出231个DEGs,包括173个上调的DEGs和58个下调的DEGs.GO功能注释分析表明,DEGs主要富集在细胞外基质形成、病毒防御反应和Ⅰ型干扰素信号通路等过程.KEGG通路富集分析结果表明,DEGs主要参与细胞外基质受体相互作用、变形虫感染、小细胞肺癌、局灶黏连、PI3K-Akt信号通路和人乳头状瘤病毒感染等重要信号通路.MCODE插件计算出最大的HUB集合,包括18个HUB基因,其中只有DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1具备成为OSCC预后标志物的潜力.DDX60的高表达提示较差的预后,而XAF1、ISG15和IFIT1的高表达则提示患者预后较好.ROC分析结果显示,DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1在预测肿瘤和非肿瘤方面具有一定的准确性,其中ISG15具有非常高的诊断准确性.ISG15与N分期和性别显著相关,而XAF1高表达组和低表达组在性别和吸烟方面存在显著差异,其中性别最为显著(P＜0.001).DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1的表达与OSCC免疫微环境中大多数免疫细胞的表达正相关.结论 本研究从公共GEO数据库中挖掘了 OSCC潜在生物标志物组合,为阐明OSCC的诊断、治疗和预后提供理论依据.
关键词：口腔鳞状细胞癌DDX60XAF1ISG15IFIT1免疫浸润
分类号：R739.8(口腔、颌面部肿瘤)
资助基金：陕西省重点研发计划一般项目(2023-YBSF-565)
论文发表日期：2024-10-28
在线出版日期：2026-08-26（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 1110-1118 )
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