'湘辣14号'辣椒叶绿体全基因组特征及进化关系分析
何刀山1
何海燕1
谢维1
罗治国1
张铁军2
秦雅林3
李鹏1
1.湘潭市农业科学研究所,湖南 湘潭 4111342.湘潭市雨湖区响水乡农业中心,湖南 湘潭 4111343.湖南人文科技学院农业与生物技术学院,湖南 娄底 417000
摘要：以'湘辣14号'辣椒幼嫩叶片为材料,采用Illumina NovaSeq 6000平台对其进行测序,获得'湘辣 14 号'叶绿体全基因组序列,利用生物信息学对'湘辣14号'叶绿体基因组结构特征、重复序列、密码子使用偏性、IR边界、核苷酸多样性以及进化关系进行分析.结果表明,'湘辣14号'叶绿体基因组全长为156 817 bp,为典型的四分体结构,总GC含量为37.72%.共注释132个基因,包括87个蛋白编码基因、8个rRNA基因、37个tRNA基因.在'湘辣14号'叶绿体基因组中鉴定到 61 个分散重复序列和 190 个简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点,其中单核苷酸重复最多,主要以A/T为主,占总SSR数量的53.16%.密码子分析表明,'湘辣14号'叶绿体基因组密码子第三位碱基偏向使用A/U.IR区相对LSC和SSC更为保守,部分基因存在收缩和扩张现象.共在'湘辣14号'叶绿体基因组中获得5个高变异区:clpP、rpl20、cemA、rpl32、ycf1.进化关系分析说明,'湘辣14号'与辣椒C.annuum(OP919650.1)和C.annuum(JX27081.1)的亲缘关系较近,属于辣椒属植物.本研究为'湘辣14号'的性状改良和分子标记研究提供了数据支撑.
关键词：’湘辣14号’辣椒属叶绿体基因组基因组特征进化关系
分类号：S602(一般性问题)
资助基金：湘潭市科技局市级科技创新项目(NY-ZD20211004)
论文发表日期：2024-12-20
在线出版日期：2026-08-28（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 38-45 )
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