'湘辣14号'叶绿体基因组密码子偏好性分析
何刀山1
阳小强2
秦雅林2
何海燕1
谢维1
罗治国1
李鹏1
1.湘潭市农业科学研究所,湖南湘潭 4111342.湖南人文科技学院,农业与生物技术学院,湖南娄底 417000
摘要：为阐明'湘辣14号'叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究以'湘辣14号'(Capsicum annuum cv'Xiangla NO.14')叶绿体基因组52条蛋白编码基因序列(CDS)为材料,采用Codon W1.4.2等软件分析'湘辣14号'密码子碱基组成及使用偏好性,并利用中性绘图、奇偶偏好(PR2-plot)、有效密码子数(ENC-plot)分析了影响密码子偏好性的主要因素,并进一步确定其最优密码子.结果表明,'湘辣14号'密码子GCall平均含量为38.70％,且GC1(47.29％)＞GC2(39.74％)＞GC3(29.05％),ENC介于34.10～54.31之间,平均值为46.69.有29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)＞1,且以A或U结尾,密码子第3位碱基偏好使用A/U结尾.ENC与GC3呈极显著相关,而与GC.all、GC1、GC2不相关.绘图分析表明,自然选择和突变均对'湘辣14号'密码子偏好性产生重要影响.共筛选出GCA、GCU、AGA等19个最优密码子,其中10个以A结尾,9个以U结尾,说明'湘辣14号'密码子第3位碱基偏爱使用A/U结尾.本研究为茄科辣椒属叶绿体基因工程的开展提供了理论依据.
关键词：’湘辣14号’叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子
分类号：S602(一般性问题)
资助基金：湘潭市科技局市级科技创新项目(NY-ZD20211004)
论文发表日期：2025-01-19
在线出版日期：2026-08-28（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 47-54,79 )
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