胶质母细胞瘤驱动基因相关的竞争性内源RNA调控网络
张春雨1
叶立果1
王龙1
袁凡恩1
彭泽生2
陶野1
陈谦学1
田道锋1
1.430060武汉,武汉大学人民医院神经外科2.430010武汉,长江航运总医院神经外科
摘要：目的 探讨胶质母细胞瘤(GBM)驱动基因相关的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络.方法 从癌症基因组图谱(TC-GA)中下载169例GBM及5例正常组织长链非编码RNA(lncRNA)表达数据,从UCSC Xena数据库下载509例GBM及10例正常脑组织微小RNA(miRNA)表达数据.对获取的lncRNA及miRNA表达数据进行差异表达分析.GBM的17个驱动基因是从文献(PMID: 30096302)中获得.miRcode,TargetScan,miRTarBase和miRDB数据库预测lncRNA、miRNA和GBM驱动基因之间的相互作用.结果 GBM组织TP53及PTEN突变率最高,达30％,且TP53错义突变最常见.筛选出差异表达lncRNA共2 445个,表达上调1 052个,下调1 393个;差异表达miRNA共56个,表达上调28个,下调28个.共有5个GBM驱动基因、6个miRNA及297个lncRNA筛选出用于构建ceRNA网络,包括HOX转录反义RNA在内的8个lncRNA与GBM病人的生存相关.结论 采用生信分析方法构建ceRNA网络有助于深化GBM发生、发展机制的认识.
关键词：胶质母细胞瘤竞争性内源RNA癌症基因组图谱生信分析
分类号：R739.41(神经系肿瘤)Q786(基因工程（遗传工程）)
资助基金：计划生育科研项目(WJ2017M019)
论文发表日期：2020-09-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：3( 607-609 )
英文信息