瓜类果斑病菌(Acidovorax citrulli)基因组信号肽预测分析
王铁霖
严婉荣
闫莎莎
杨玉文
赵廷昌
1.中国农业科学院植物保护研究所;植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 1001932.中国农业科学院植物保护研究所;植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 1001933.中国农业科学院植物保护研究所;植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 1001934.中国农业科学院植物保护研究所;植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 1001935.中国农业科学院植物保护研究所;植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 100193
摘要：利用Signal 3.0、LipoP和TargetP对瓜类果斑病菌Acidovorax avenae subsp.c itrulli AAC00-1菌株基因组中4 709个ORFs进行分析,对该病菌基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测,并对其进行分类.结果确定其中476个ORFs所编码的N-端有信号肽序列,占全部ORFs的10.10％.信号肽长度为14～48个氨基酸,以20～35个氨基酸居多,26个氨基酸的信号肽最多.组成信号肽的氨基酸中,非极性氨基酸占47.80％,极性氨基酸占23.04％,带负电荷的酸性氨基酸占15.87％,带正电荷的碱性氨基酸占8.73％.预测的476条信号肽中,有384条分泌型信号肽(SPⅠ),40条脂蛋白型信号肽(SPⅡ),51条TMHI型信号肽和1条CYT型信号肽.在分泌型信号肽中,有96个信号肽具有RR-motif的保守区段.
关键词：Acidovorax citrulli信号肽分析
资助基金：公益性行业(农业)科研专项(201003066)国家西甜瓜产业技术体系建设专项(CARS-26-12)
论文发表日期：2012-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1-6 )
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