西瓜嗜酸菌tatB基因生物信息学分析
蒋洁
杨玉文
王铁霖
杨姗姗
赵廷昌
1.中国农业科学院植物保护研究所 北京 1001932.中国农业科学院植物保护研究所 北京 1001933.中国农业科学院植物保护研究所 北京 1001934.中国农业科学院植物保护研究所 北京 1001935.中国农业科学院植物保护研究所 北京 100193
摘要：为了解西瓜嗜酸菌(Acidovorax citrulli)双精氨酸转运系统(Twin-arginine translocation system,Tat)关键基因tatB的生物信息学信息,利用相关软件对西瓜嗜酸菌和其他7种革兰氏阴性菌的TatB蛋白进行理化性质分析,氨基酸序列分析以及遗传距离分析;同时对西瓜嗜酸菌TatB蛋白的疏水性、跨膜结构域以及三级结构模型进行了预测.结果表明,西瓜嗜酸菌TatB的理化性质和洋葱布克氏菌(Burkholderia cenocepacia)更加接近,水稻白叶枯病菌TatB理化性质与其他6种细菌的相差较远;西瓜嗜酸菌TatB蛋白遗传关系与水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae)的最远,与洋葱酸皮病菌以及茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)的较为接近;预测西瓜嗜酸菌TatB蛋白有3个区域的疏水性比较高,在氨基酸序列的2～18位以及100～106位有2个跨膜区域,其三级结构可能为“L”型.对西瓜嗜酸菌tatB基因进行基本生物信息学分析,丰富了其生物信息学资料,有助于对西瓜嗜酸菌的致病机制进行深入研究,为以后选育抗病品种以及研发特异性的新药提供依据.
关键词：西瓜嗜酸菌tatB基因生物信息学分析
资助基金：公益性行业(农业)科研专项(201003066)国家西甜瓜产业技术体系项目(CARS-26)
论文发表日期：2014-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 6-9,13 )
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