基于重测序的23份香菇种质资源全基因组序列分析
宋琳琳1
陈红芝2
毋柳柳1
李畅3
孟丽1
孔维丽4
1.河南科技学院生命科学学院 河南新乡 4530032.新乡工程学院 河南新乡 4537003.郑州工商学院文法学院 郑州 4514004.河南省农业科学院食用菌研究所 郑州 450000
摘要：为了对河南香菇主产区的主栽品种进行鉴定,并分析其遗传多样性,将河南主栽的23份香菇种质资源进行重测序,对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和小片段插入缺失(insertion-deletion,InDel)等数据进行统计和分析,并基于SNP变异对23份香菇资源进行遗传结构分析、进化树构建和主成分分析.结果表明,在23份香菇样本中,比对到参考基因组上的reads数目占总数的比例范围为72.53%～90.60%,样品平均测序深度范围为12.83～19.99,覆盖率范围为91.89%～99.32%.SNP位点共计14 115 075个,InDel共计1 909 516个.23份香菇样本的群体遗传结构及系统发育分析表明其包含3个谱系,遗传距离0.054 90～0.656 89,推测它们至少有3个祖先遗传成分.结合主成分分析法明确各菌种间的亲缘关系远近,证明了菌种分支具有明显的地域性.综合分析表明,以基因序列相似度、遗传距离差异及亲缘关系远近为主要依据特点,有助于对香菇地方品种命名和其特征特性关系的认识,促进优异种质资源的交流与利用.
关键词：香菇重测序单核苷酸多态性插入缺失变异群体遗传结构
分类号：S646(园艺)
资助基金：河南省重点研发与推广专项(212102110056)
论文发表日期：2024-03-05
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 28-34 )
英文信息