清肺排毒汤miR-320—靶基因谱检测方法构建与分析
吴地尧1
雷金月2
章新友3
徐铁龙1
李龙雪4
1.江西中医药大学中医学院,南昌 3300042.江西中医药大学药学院,南昌 3300043.江西中医药大学计算机学院,南昌3300044.江西中医药大学实验动物科技中心,南昌330004
摘要：目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑.方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用"结合态 miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)"初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3 验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320 在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3 序贯检测法)的优势.结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50 位.miR-320 在小鼠肺组织中可作用于26 类靶基因,其中19 类为已知基因(18 类为mRNA以及1 类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26 类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8～-21.8 kcal·mol-1 之间;Alphafold3 预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26 类靶基因为miR-320 作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的"CSCT+Alphafold3 序贯检测法"对于靶基因谱的检测准确率更高.这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用.结论:清肺排毒汤所含miR-320 在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的"CSCT+Alphafold3"法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术.
关键词：清肺排毒汤新型冠状病毒感染微小RNAmiR-320靶基因谱
分类号：R96(药理学)
资助基金：国家自然科学基金(82141214)江西省中医药管理局科技计划项目(2024B0170)江西省卫生计生委中医药科研课题(2022Z007)江西省教育厅科技项目(5352000613)
论文发表日期：2026-01-15
在线出版日期：2026-08-14（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 72-81 )
英文信息