使用R语言metaMA程序包实现基因表达谱数据的Meta分析
李贤菁1
邓巧玲1
李嘉兴1
张晨曦1
阙雅婷1
翁鸿1
黄静宇2
李胜3
1.武汉大学第二临床学院循证医学与临床流行病学教研室, 武汉,4300712.武汉大学中南医院胸心血管外科, 武汉,4300713.430071 武汉,武汉大学第二临床学院循证医学与临床流行病学教研室;430071 武汉,武汉大学中南医院生物样本库;430071 武汉,湖北省人类遗传资源保藏中心
摘要：基因芯片技术原理为杂交测序,即碱基互补配对原则.基因芯片技术发展迅速,是进行基因分析的有力工具.由于基因芯片类型及其数据格式的多样性,对基因组数据进行全面和完整的分析具有重要意义.R是一个免费、开源的统计分析软件,通过加载不同包,能实现对不同类型基因芯片的分析.使用基于R语言的metaMA包前,需要把不同研究基因转化为统一格式.通过加载metaMA包,使用Meta分析筛选出差异表达的基因.基因在病例组与对照组中的表达是否有差异,不同的实验可能得出不同的结论.Meta分析可综合这些实验结果,使结论更可靠.本文以3例口腔鳞状细胞癌研究获得的基因组数据为例,介绍如何使用R语言metaMA包找出不同研究中差异表达的基因.
关键词：R软件基因芯片数据metaMA分析流程
分类号：R4(临床医学)
资助基金：学位与研究生教育教学改革研究项目(2018-413200016)中央高校基本科研业务费专项(2042018kf0077)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 782-786 )
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