肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析
李冰滢1
刘畅2
李枫1
张庆梅3
罗彬3
葛盈盈3
农蔚霞3
陈芳3
肖绍文2
谢小薰3
1.530021 南宁,广西医科大学组织学与胚胎学教研室2.530021 南宁,广西医科大学第一附属医院神经外科3.530021 南宁,广西医科大学组织学与胚胎学教研室;530021 南宁,广西医科大学基础医学中心实验室
摘要：目的 构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据.方法 提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络.应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析.结果 共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA.mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个.Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05).以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路.结论 该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据.
关键词：肾嫌色细胞癌内源竞争性RNA调控网络信使RNA长非编码RNA微小RNA
分类号：R737.11(泌尿生殖器肿瘤)
资助基金：教育部重点实验室基金(GKEZZ2019-08)教育部重点实验室基金(GKE-ZZ202006)
论文发表日期：2021-06-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 600-605 )
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