基于单细胞转录组测序探索患者来源类器官-胰腺癌原发性肿瘤来源免疫细胞的作用机制
徐应翠1
陆合明2
曹婷婷1
1.广西中医药大学研究生院,南宁 5300002.广西壮族自治区人民医院放疗科,南宁 530021
摘要：目的 基于单细胞转录组测序探索患者来源类器官(PDO)-胰腺癌原发性肿瘤来源免疫细胞的作用机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)获取胰腺癌单细胞转录组测序数据集,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载185例胰腺癌患者的临床相关数据.经质控、降维、聚类和细胞注释后,分析免疫细胞在胰腺癌原发性肿瘤和PDO上的构成和分布差异,筛选免疫细胞的显著差异基因(DEGs),CellChat分析免疫细胞之间的分子相互作用,识别免疫细胞通讯模式.随后针对中性粒细胞DEGs进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.最后分析FFAR2、RASGEF1C基因表达水平对患者生存预后的影响.结果 该研究成功识别了 22个细胞群,并进一步将其分成11类细胞,其中包括中性粒细胞在内的4类免疫细胞.提取免疫细胞单细胞转录组测序数据得到30 141个细胞,其中包括PDO模型来源的2 282个细胞和原发性肿瘤来源的7 319个细胞,在不同来源的样本中,免疫细胞构成和数量存在显著差异.通过CellChat软件分析免疫细胞之间的分子相互作用关系以及免疫细胞的通讯模式,识别出转化生长因子-β(TGF-β)信号通路和中性粒细胞在胰腺癌发展中占有重要地位.另外研究发现,中性粒细胞可以同时激活TGF-β等多种信号模式和途径.中性粒细胞的DEGs主要参与了免疫反应调节、激活免疫反应运输、激活先天免疫应答等生物学过程,并富集于原发性免疫缺陷、哮喘等信号通路.选择中性粒细胞DEGs中研究较少的基因FFAR2、RASGEF1C进行生存分析,结果提示FFAR2、RASGEF1C高表达有助于改善胰腺癌患者的生存预后.结论 该研究确定了胰腺癌原发性肿瘤和PDO之间的免疫细胞差异性,为胰腺癌的类器官研究奠定了基础.
关键词：单细胞转录组测序胰腺癌原发性肿瘤患者来源类器官
分类号：R735.9(消化系肿瘤)
资助基金：广西重点研发计划项目(AB17195005)广西医疗卫生适宜技术开发与推广应用项目(S2017082)
论文发表日期：2024-12-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 1398-1405 )
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