肝癌早期复发相关生物标志物筛选及对患者预后预测的意义
梁萌1
陈可和1
曹宇华2
潘登2
王珺平2
区梅2
钟汶何2
高婷2
韦海明2
1.广西中医药大学,南宁 530200;广西壮族自治区人民医院(广西医学科学院)临床肿瘤中心化疗二区,南宁 5300212.广西壮族自治区人民医院(广西医学科学院)临床肿瘤中心化疗二区,南宁 530021
摘要：目的 筛选肝癌早期复发相关生物标志物,分析其对肝癌患者预后预测的意义.方法 基于前期研究筛选出16个差异表达基因(DEGs),包括人类白细胞抗原-A(HLA-A)、白介素-23A(IL-23A)、肿廇蛋白P63(TP63)、花生四烯酸-15-脂加氧酶B(ALOX15B)、苯并咪唑出芽抑制解除同源物1(BUB1)、趋化因子受体2(CXCR2)、CC亚族趋化因子配体20(CCL20)、C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)、酪氨酸蛋白激酶7(PTK7)、髓过氧化物酶(MPO)、白介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、G抗原2A(GAGE2A)、G抗原2E(GAGE2E)、恶性脑肿瘤缺失蛋白1(DMBT1)、叉头框蛋白M1(FOXM1).在癌症基因组图谱(TCGA)数据库以"TCGA-LIHC"为关键词进行检索,共获得肝癌组织374例,对照组织50例(均为癌旁组织),下载RNA数据集及对应的临床资料数据,分析DEGs在肝癌组织及癌旁组织间的表达差异.对DEGs进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.基于STRING在线数据库构建蛋白互作网络(PPI).应用R 4.1.2软件包"survminer"中的surv_cutpoint函数获取最佳截断值,并以此区分高表达组和低表达组,通过Kaplan-Meier生存曲线分析DEGs与患者生存预后的关系.通过Cox回归分析影响肝癌患者预后的因素.结果 与癌旁组织相比,肝癌组织HLA-A、IL-23A、TP63、ALOX15B、BUB1、CCL20、PTK7、MMP9、GAGE2A、DMBT1、FOXM1 呈高表达,MPO、IL-1β、CXCR2、CLEC4C 呈低表达,差异有统计学意义(P＜0.05).GAGE2E在肝癌组织和癌旁组织间表达差异无统计学意义(P＞0.05).GO富集分析结果显示,DEGs的生物学过程(BP)变化在中性粒细胞迁移、粒细胞趋化和中性粒细胞趋化中显著富集;细胞组分(CC)的变化主要在分泌颗粒膜、吞噬性囊泡和吞噬性囊泡膜中显著富集;分子功能(MF)变化主要在受体配体活性、细胞因子受体结合和细胞因子活性中富集.KEGG通路富集分析结果显示,DEGs主要富集于肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白介素-17(IL-17)信号通路和类风湿性关节炎通路.PPI分析结果显示,蛋白质-蛋白质互作关系得分排名前5的蛋白质对分别为MPO-MMP9(得分0.969)、CCL20-IL-1β(得分0.958)、CCL20-CXCR2(得分0.949)、MMP9-IL-1β(得分 0.949)、IL-1β-MPO(得分 0.860).Kaplan-Meier 生存曲线分析结果显示,BUB1、MMP9、CCL20、PTK7、IL-1β、FOXM1高表达组的生存预后显著优于其对应的低表达组(P＜0.05).多因素Cox回归分析结果显示,T3/T4分期、带瘤状态、FOXM1高表达是影响肝癌患者OS的独立危险因素(P＜0.05).结论 肝癌早期复发相关DEGs主要涉及炎症和免疫反应相关通路.FOXM1可作为预测肝癌患者生存预后的生物学指标.
关键词：肝癌早期复发差异表达基因生物标志物预后叉头框蛋白M1
分类号：R735.7(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81360368)广西自然科学基金项目(2023GXNSFAA026121)
论文发表日期：2025-03-30
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 285-291 )
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