基于GEO数据库分析circRNAs在胃癌组织中的表达
姜林宏1
张鹤达2
钟山亮3
唐金海4
1.221004 江苏 徐州,徐州医科大学 研究生院2.210029 江苏 南京,南京医科大学第一附属医院 普外科3.210009 江苏 南京,南京医科大学附属肿瘤医院 临床检验中心4.221004 江苏 徐州,徐州医科大学 研究生院;210029 江苏 南京,南京医科大学第一附属医院 普外科
摘要：目的 通过生物信息学分析环状RNA在胃癌中的作用,以期寻找新的肿瘤标志物.方法 从GEO数据库中检索并下载胃癌组织的芯片数据,利用GEO2R在线分析工具在线分析并筛选出差异表达的环状RNA.通过数据对比,提取差异表达一致的环状RNA,然后利用miRanda软件和RNAhybrid软件预测其与miRNAs之间的相互作用.通过TCGA数据库分析亲本基因在胃癌组织中的表达.结果 通过对数据库GSE78092、GSE89143和GSE83521进行合并分析,发现差异表达的环状RNA共有498个,上调的环状RNA有125个,下调的有373个;其中至少2个数据库都存在的环状RNA有31个,3个数据库共同包含的环状RNA有2个.通过TCGA数据库分析发现,RPL13、LPHN2和PGPEP1在胃腺癌组织和癌旁组织中的表达无明显差异;而PRKCI、LAPTM4A、PTK2和PDSS1在胃腺癌组织中的表达高于癌旁组织.结论 在胃癌组织中异常表达的环状RNA将可能成为胃癌新的标志物.
关键词：胃癌环状RNAmiRNA亲本基因
资助基金：国家重点研发计划(2016YEC0905900)国家自然科学基金(81872365)江苏省科技计划(BE2019731)
论文发表日期：2020-12-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 529-533 )
英文信息