基于生信分析筛选老年性聋关键基因及相关信号通路研究
胡赛南
韩贺舟
马秀岚
中国医科大学附属盛京医院耳鼻咽喉头颈外科 沈阳 110004
摘要：目的 利用生物信息学方法筛选老年性聋小鼠耳蜗组织中的关键基因,并分析其功能,为老年性聋的发病机制和诊治提供新思路.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载GSE6045基因芯片,通过GEO2R筛选出老年性聋小鼠耳蜗组织中的差异表达基因,利用DAVID分析工具进行差异基因的基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,通过STRING分析差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI),通过Cytoscape进行PPI网络的模块以及关键节点基因的分析.结果 在7周龄和36周龄小鼠耳蜗组织中,共筛选出1000个差异表达基因,其中包括560个表达上调基因和440个表达下调基因.这些差异表达基因主要富集在免疫反应、中性粒细胞趋化等过程以及白细胞跨内皮迁移等通路.根据MCODE得分筛选出3个关键作用模块,基于cytoHubba中7种算法,最终筛选出Ptprc、Mmp9、Igf1这3个关键节点基因.结论 本研究利用生物信息学筛选出老年性聋小鼠耳蜗组织中的差异基因及相关通路,帮助理解老年性聋的发生、发展病理机制,为寻找老年性聋新的治疗靶点提供思路.
关键词：老年性聋生物信息学基因
分类号：R764(耳科学、耳疾病)
资助基金：国家重点研发计划(2020YFC2005200)辽宁省教育厅科学研究项目(ZF2019015)
论文发表日期：2022-10-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 791-797 )
英文信息