基于高通量测序的鼠类肠道细菌群落多样性分析
杨国平1
叶敏霞2
张荣3
吴海磊4
罗岚4
郭晔3
朱军3
孙立新5
1.江苏国际旅行卫生保健中心,江苏南京210019;江苏省检验检疫科学技术研究院,江苏南京2100192.江苏省中西医结合医院,江苏 南京2100293.江苏国际旅行卫生保健中心,江苏南京2100194.南京海关,江苏 南京2100195.江苏省检验检疫科学技术研究院,江苏南京210019
摘要：目的 探明鼠类肠道细菌群落组成和多样性.方法 分离鼠类完整肠道并提取总DNA,利用Oxford Nanopore Technologies公司(MK1C)的纳米孔单分子测序技术对其肠道细菌16S rRNA的全区序列进行测序,统计肠道细菌的操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析其物种组成、丰度及Alpha、Beta多样性.结果 获得鼠类肠道细菌16S rRNA优质序列1 161 377条,根据序列相似性进行聚类分析获得1 484个OTUs.共注释到24个门,48个纲,113个目,241个科和534个属;在门分类水平上,以厚壁菌门Firmicutes和变形菌门Proteobacteria为优势门类;在属分类水平上,优势属为肠球菌Enterococcus、乳酸杆菌Lactobacillus和葡萄球菌Staphylococcus,其丰度分别为38.7％,17.65％和7.48％.Alpha多样性分析结果显示,鼠类肠道细菌的观测物种数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为1 484、1825.77、3.91和0.058.Beta多样性分析结果显示臭鼬和小家鼠肠道菌群组成最接近,而黄胸鼠和小家鼠肠道菌群组成相差最大.结论 鼠类肠道细菌菌群整体多样性比较丰富,可为有效评估鼠传疾病传播风险提供依据.
关键词：鼠类肠道细菌16S rRNA高通量测序物种多样性
分类号：S443(动物危害及其防治)
资助基金：国家科技重大专项(2018ZX10101003-002-003)南京海关科技项目(2019KJ07)
论文发表日期：2021-04-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 148-153 )
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