青海省海南州鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性分析
张丽
靳娟
何建
杨晓艳
辛有全
柏吉祥
张晓璐
李胜
青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室,青海 西宁 810021
摘要：目的 基于鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性(SNP)分析,了解青海省海南州喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌种群结构,为该地新分离菌株的溯源及鼠疫监测方案的及时调整提供理论依据.方法 对海南州31株代表性鼠疫菌进行测序,利用全基因组测序数据比对2 298个SNP位点的变异情况,构建系统发育树,分析该疫源地鼠疫菌种群结构.结果 海南州31株鼠疫菌生物型均为古典型,29株鼠疫菌的生态型为青藏高原型,2株为祁连山型;31株鼠疫菌均聚类至1.IN谱系1.IN2分支;1.IN2支群是该地的优势种群,海南州喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地稳定存在.结论 青海省海南州鼠疫菌菌株保守性高,系统发育的聚类与地理位置对应关系较好,SNP检测方法可以用于鼠疫菌暴发疫情的溯源分析.
关键词：鼠疫菌单核苷酸多态性(SNP)海南州鼠疫疫源地基因分型
分类号：R378.6+1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
资助基金：国家自然科学基金(82260401)青海省科技厅基础研究计划项目(2024-ZJ-712)
论文发表日期：2025-06-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 270-273 )
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