基于加权基因共表达网络的膀胱尿路上皮癌预后及疗效相关基因筛选
李佳丽1
曾梓航1
刘嘉彬1
张冉1
李硕1
孟详喻2
李胜3
李伟4
1.430071 湖北 武汉,武汉大学第二临床学院2.武汉大学中南医院泌尿外科3.武汉大学中南医院泌尿外科;湖北省人类遗传资源保藏中心4.431700 湖北 天门,湖北天门市第一人民医院肿瘤科
摘要：目的 构建加权基因共表达网络分析(weighed gene co-expression network analysis,WGCNA),鉴定出膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)中与预后及治疗效果相关的基因,并分析其在肿瘤相关通路中的活性.方法 在癌症基因组图谱数据库获取膀胱尿路上皮癌的转录组测序及相应临床数据;选择年龄、性别、身高、体重、人种、生存时间、吸烟年数、治疗效果、病理分级、TNM分期及淋巴结浸润为临床表型进行加权基因共表达网络分析;利用R语言进行生存分析;利用GSCALite工具进行肿瘤相关的通路活性分析;利用基因表达汇编数据库中的GSE13507和GSE3167数据集进行验证.结果 本研究鉴定出与预后及治疗效果均显著相关的基因模块及模块关键基因GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH,上述8个基因在肿瘤相关通路中有一定活性.结论 GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH基因在BLCA中与预后及治疗效果均显著相关,并且参与了肿瘤相关通路,可能成为BLCA的生物标志物或潜在治疗靶点.
关键词：膀胱尿路上皮癌生物信息学加权基因共表达网络生物标志物
分类号：R737.14(泌尿生殖器肿瘤)
资助基金：湖北省卫生计生科研基金(WJ2019H211)
论文发表日期：2020-12-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 340-344 )
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