老药新用:基于基因表达谱和Connectivity Map对丹参酮ⅡA药理作用的再认识
盛松
黄烨
杨志旭
李婧
徐凤芹
1.中国中医科学院西苑医院 北京 1000932.中国中医科学院西苑医院 北京 1000933.中国中医科学院西苑医院 北京 1000934.中国中医科学院西苑医院 北京 1000935.中国中医科学院西苑医院 北京 100093
摘要：目的 通过GEO基因表达谱数据和Connectivity Map(Cmap)对丹参酮ⅡA(TanⅡA)药理作用进行重定位和再认识.方法 首先从GEO中下载与TanⅡA有关的基因芯片,然后使用R软件依次对原始数据进行标准化处理、填补缺失值、探针名批量转换、筛选TanⅡA差异基因等操作.进而使用GSEA 3.0软件对所有差异基因进行基因集富集分析(GSEA)和领头亚群分析,寻找基因集中差异表达不显著却有重要生物学意义的基因.最后通过Cmap将获得的TanⅡA差异基因和领头亚群进行药物重定位,使用Coexpedia和差异基因和领头亚群构建基因共表达网络,寻找关键基因,并进一步做共表达基因的疾病本体(DO)富集分析.结果 从GEO中获得经TanⅡA和二甲基亚砜(DMSO)处理的MCF7细胞原始表达谱数据集,利用R软件获得差异表达基因369个,然后运用GSEA 3.0软件从数据集中选取得到领头亚群10个.差异基因和领头亚群合并后通过Cmap分析得到正性评分接近+1的化合物22个,提示TanⅡA具有与这些化合物相同的药理作用.使用线上工具Coexpedia构建基因共表达网络,并进一步做DO富集分析得到DO富集条目192个(P<0.05),显著富集条目70个(P<0.01).结论 基于上述分析推断TanⅡA具有多种药理作用,有治疗心血管疾病、肿瘤、呼吸系统疾病、慢性炎症性疾病等多种疾病的前景.
关键词：丹参酮ⅡA基因表达谱药物重定位领头亚群基因共表达疾病本体富集分析
分类号：R961(药理学)R289.5(方剂学)
论文发表日期：2020-09-16
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 2967-2973 )
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