粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析
刘伟1
蔡英丽2
何培新3
1.郑州轻工业学院食品与生物工程学院,河南郑州450001;华中农业大学应用真菌研究所,湖北武汉4300712.华中农业大学应用真菌研究所,湖北武汉,4300713.郑州轻工业学院食品与生物工程学院,河南郑州,450001
摘要：基于第二代转录组测序技术,对采集自河南省新郑市的粗柄羊肚菌(Morchellacrassipes)M10菌株进行了深度转录组测序,分析了全转录组简单重复序列SSR(simplesequencerepeat)分布和序列特征.结果表明:1)总计检测到13044个SSR位点,分布在8851条Trinitygenes中,SSR在转录组序列中的平均密度为2067.77bp/个,远高于其他真菌,其中2858条Trinitygenes中包含超过1个SSR位点,复合型SSR位点1925个.2)单碱基重复基元最多,为8600个,其中A/T重复类型远高于C/G重复类型,与多数大型真菌相同;其次是三碱基重复基元,为2497个,其中ACC/GGT,AGC/CTG和AGG/CCT重复类型占60%以上,且明显以GC的高频概率出现,在SSR分子标记或其他重复序列多态性标记的开发上,可优选富含GC的SSR设计引物.
关键词：简单重复序列粗柄羊肚菌遗传标记转录组测序
分类号：Q75(分子遗传学)S567.3(经济作物)
资助基金：河南省科技创新杰出青年项目(134100510017)
论文发表日期：2017-03-02
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 33-39 )
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