基于生物信息学方法初步探究银屑病相关铜死亡基因
马骁1
徐浩翔2
何艳艳2
吉娟2
孙卫国1
孔迎辉1
1.南京医科大学附属淮安第一医院皮肤科,江苏 淮安 2233002.中国医学科学院,北京协和医学院皮肤病医院(研究所)皮肤科,南京 210042
摘要：目的 利用生物信息学方法筛选银屑病相关铜死亡基因,并探究其可能的调控机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE 30999数据集,从中筛选银屑病差异表达基因(DEGs).通过基因本体(GO)分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,研究DEGs的功能及其在生物学过程中的富集通路.同时,进行了免疫浸润分析以探讨不同免疫细胞在银屑病组织中的分布情况.利用既往文献报道的铜死亡基因与筛选出的DEGs取交集,得到铜死亡相关差异表达基因(CR-DEGs),使用阿维A酸进行分子对接实验,以验证其与这些基因之间的结合能力.使用GSE230842数据集作单细胞分析,旨在明确CR-DEGs在关键细胞群中的具体分布.结果 共获得2 061个差异表达基因,GO分析显示了铁离子结合、脂肪酸代谢等显著富集,KEGG分析则显示细胞因子-细胞因子受体相互作用、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路等功能性通路的显著富集.免疫浸润结果显示银屑病皮损中CD4+T细胞、γδT细胞等免疫细胞显著升高,差异有统计学意义(P＜0.05).既往报道的铜死亡基因共19个,与DEGs取交集后筛选出二氢硫辛酰胺乙酰转移酶(DLAT)与溶质载体家族31成员1(SLC31A1)两个CR-DEGs,单细胞分析结果显示其在角质形成细胞中表达较为丰富,分子对接结果显示阿维A酸与这两个基因结合较好,尤其是SLC31A1.结论 DLAT和SLC31A1作为银屑病相关的铜死亡基因,可能通过对角质形成细胞增殖分化及新生血管形成的调控来影响银屑病的发展进程.此外,阿维A酸与SLC31A1之间紧密的结合关系提示,该药物可能通过铜死亡途径为银屑病的治疗提供新的策略.
关键词：银屑病铜死亡差异表达基因生物信息学
分类号：R758.63(皮肤病学与性病学)
资助基金：国家自然科学基金(82473511)
论文发表日期：2025-10-10
在线出版日期：2025-11-05（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 329-336 )
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