美洲南瓜全基因组InDel标记的开发与应用
董佳美1
杨永照2
孙柳清2
卢秋晨2
陈宛露2
武喆3
段颖2
雷逢进4
王长林2
薄凯亮2
1.山西农业大学园艺学院 山西太谷 030801;中国农业科学院蔬菜花卉研究所·蔬菜生物育种全国重点实验2.中国农业科学院蔬菜花卉研究所·蔬菜生物育种全国重点实验室 北京 1000813.山西农业大学园艺学院 山西太谷 0308014.山西农业大学棉花研究所 山西运城 044000
摘要：美洲南瓜(Cucurbita pepo L.)遗传多样性丰富、用途广泛,是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一.为系统开发其全基因组InDel标记,对属于不同亚种的2份美洲南瓜种质Jin-GL(C.pepo ssp.texana)和HM-S2(C.pepo ssp.pepo)进行了 Denovo测序,在每条染色体上筛选并成功验证了 5个多态性InDel位点,共计开发了 100个标记.利用81份南瓜材料对上述标记进行多态性检测,结果显示,供试种质遗传背景较为广泛(香农遗传多样性指数平均为1.00),标记多态性较高(多态性信息含量平均为0.56).利用非加权组平均法(UPGMA)将81份材料在遗传相似系数为0.65时分为4个类群,第Ⅰ类包含45份材料,主要为ssp.texana的蔓生观赏类型美洲南瓜种质;第Ⅱ类包含34份材料,为ssp.pepo的栽培类型美洲南瓜种质;第Ⅲ类为1份野生南瓜种质;第Ⅳ类为1份印度南瓜种质.从100个多态性InDel标记中选取10个多态性最高的标记构建了指纹图谱.最后利用100对引物对237份美洲南瓜商品种(组合)进行了聚类分析,结果表明,在遗传距离为0.08时,籽用类型呈现出独立成群的趋势;此外,无论是肉用类型还是籽用类型品种(组合),大部分均呈现出遗传背景较为狭窄的趋势.本研究结果为美洲南瓜种质资源的遗传多样性分析以及新品种选育提供了理论依据.
关键词：美洲南瓜InDel标记遗传多样性指纹图谱
分类号：S642.1(园艺)
资助基金：国家自然科学基金(32372709)北京市设施蔬菜创新团队(BAIC01)中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-IVF-CAAS)
论文发表日期：2025-12-05
在线出版日期：2026-01-05（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：14( 9-22 )
英文信息